Yeni Nesil Dizileme Teknolojileri ile Klinik Ekzom ve NGS Panelleri

NGS Panelleri (Yeni Nesil Sekanslama Panelleri)

Birçok kalıtsal bozukluk, genetik olarak heterojendir (ör; birden fazla gende görülen patojenik varyantlar, aynı genetik bozukluğa neden olabilir; Noonan sendromu gibi).
Yeni nesil sekans analizlerinin geliştirilmesinden önce, birden fazla geni test etmek için maliyet-etkin tek yol, sıralı olarak hastalık ile ilişkili genlerin (bir sonraki genin test edilmesine geçmeden önce bir genin tam test edilmesi) analiz edilmesiydi. Pahalı ve oldukça zaman alıcı olmaktaydı. Dizileme tekniklerinin gelişmesi ile birden fazla genin eşzamanlı olarak analiz edildiği NGS panelleri oluşturulmuş ve yaygın şekilde klinikte kullanılmaya başlanmıştır.

Hastalığa Spesifik Olarak Oluşturulan NGS Panellerinin Klinik Ekzom ve Klinik Genom Dizi Analizine Göre Avantajları Nelerdir?

NGS panellerin klinik sensitivitesi (yani, klinik bozukluklara neden olan patojenik varyantların belirlenebilmesi), klinik ekzom sekanslama ve klinik genom sekanslamaya göre bazı açılardan daha üstün olabilmektedir:

• Bir panelde yer alan genlerin dizilenmesi, spesifik olarak hedefe yönelik bir analiz gerçekleştirilmesini sağlamaktadır. Ancak, klinik ekzom ve genom analizi gen spesifik değildir.
  Panellerin tasarımı:
• İlgili geninin tamamının dizilenmesi sonuçların güvenilirliğini arttırmaktadır.
• İlgilenilen bölgenin dizileme sonuçlarının detaylı olarak incelenmesi, somatik mozaik varyantları tespit etmek için daha yüksek duyarlılık sağlamaktadır.
• Hedeflenen ve kodlama yapmayan bölgelerdeki varyantları belirleyebilmektedir .
• NGS panelleri ek analizler içerebilmektedir:
• Dizi analizi ile saptanamayacak kadar büyük olan delesyon ve duplikasyonları tespit etmek için delesyon ve duplikasyon analizleri
• Spesifik genleri oldukça homolog psödogenlerden ayırmak için dizi analizi
• NGS panelleri ile daha az gen dizilenmesi nedeniyle sonuçlar, klinik ekzom veya genom analizi sonuçlarına göre daha kolay analiz edilebilmektedir. Çünkü daha az sayıda varyant belirlenmektedir. Bu nedenle, NGS panelleri klinik ekzom ve genom analizine kıyasla daha hızlı sonuç vermektedir. Ayrıca NGS panelleri ile raslantısal bulgular (şüphenilen fenotipe neden olabilecek gen değişimleri haricinde farklı fenotip ile ilişkilendirilen patojenik varyantlarıın elde edilmesi) elde edilmemektedir. Test sonuçlarının yorumlanması için düzenli olarak ebeveyn testlerine ihtiyaç duyulmamaktadır.

Not: Ebeveyn örnekleri, klinik önemi belirsiz varyantların daha ayrıntılı olarak değerlendirilmesi için gereklidir.

Klinik Ekzom veya Klinik Genom Analizlerinin NGS Panellerine Göre Avantajları Nelerdir?

• Klinik ekzom ve klinik genom analizinde, klinisyenin hangi hastalıkların (ve dolayısıyla hangi genlerin) analize dahil edilmesi gerektiğinin belirlemesine ihtiyaç yoktur. Böylelikle hastanın klinik tanısının belirlenmesinde; kapsamlı klinik incelemeler, laboratuvar testleri ve radyografik değerlendirmeler gerekli değildir.
• Klinik ekzom ve klinik genom analizi, aynı bireyde iki farklı genetik bozukluğun (fenotipik tablonun karmaşık olması nedeniyle ayrıcı tanı klinikte yapılamamış olabilir) varlığını tespit edebilir.
• NGS panellerinin kullanımı, klinisyeni hastaya uygun en iyi paneli seçmeye zorlar. Seçim sıklıkla zordur, çünkü:
  • Hastanın fenotipi az tanımlanıyor olması, en uygun NGS panelinin belirlenmesini zorlaştırmaktadır.
  • Nadir görülen hastalıklar veya yeni keşfedilen genler, NGS panele dahil edilmeyebilir.
  • Bazı hastalıklarda yaygın olarak görülen varyantlar (örn., ekzon veya tam gen delesyonları) NGS panelde analiz edilmiyor olabilir.
  • Klinik duyarlılık paneller arasında büyük farklılık gösterebilir.
  • NGS panelleri ile klinik önemi belirsiz varyantlar saptanabilir. Test sonucunun daha anlaşılır olması amacıyla aile üyelerinin taranması ve genetik danışma verilmesi gerekebilmektedir.